Deus Ex’in hikayesi, 2052 yılındaki Dünya’nın karanlık distopik geleceğinde geçmektedir. Dünya çöküşün eşiğindedir: küresel ekonomi çökmüş durumdadır, ulusal hükümetler hızla otorite kaybetmekte, yerlerine terörist gruplar güçlenmektedir. Durumu daha da kötüleştiren şey ise “griton ölüm” adı verilen tedavi edilemeyen bir hastalık salgınıdır, dünya nüfusunu hızla yok etmektedir.

Oyuncu, küresel tehdide karşı dünyayı korumakla görevli olan UNATCO’nun seçkin bir anti-terörizm biriminde görevli J.C. Denton rolünü üstlenir. Ancak kahraman, görevlerini yerine getirdikçe ve entrikaları çözdükçe, durumun ilk bakışta göründüğünden çok daha karmaşık olduğunu anlar. Dünya politikasının perde arkasında, yeni bir düzen kurmak için krizi kullanmaya çalışan illuminati gibi gizli topluluklar bulunmaktadır. J.C. bu konspirasyon teorileri ve doğaüstü olayların bataklığına ne kadar batarsa, sadece büyük bir oyunda bir piyon olduğunu ve artık kendi tarafını seçmesi gerektiğini daha net bir şekilde fark eder.

Deus Ex’in oynanışı, birinci şahıs nişancı, gizlilik ve rol yapma oyunu öğelerini organik bir şekilde bir araya getirmesiyle benzersizdir. Oyunu oynamadan önce oyuncu kendi karakterini oluşturur, görünümünü seçer ve yetenek puanlarını dağıtır. Deus Ex’in çoğu rol yapma oyunundan farklı olarak, alışılmış seviye sistemi yoktur – deneyim doğrudan belirli becerilerin gelişmesine dönüşür, silah kullanımı, kilit kırma veya tıp gibi.

Oyunun ana özelliği, görevleri yerine getirirken yaklaşımınızı seçme özgürlüğü ve esnekliğidir. Neredeyse her görevi birkaç farklı şekilde çözebilirsiniz: bazı yerlerde doğrudan güç ve silah kullanma yetenekleriniz yeterli olabilirken, bazı yerlerde gizlice hareket etmek, kilitleri kırmak ve düşmanlardan kaçınmak daha iyidir. Dahası, bazen oyun dikkatli oyuncuları ödüllendirir, doğrudan yaklaşıma göre ulaşılamayan alternatif yolları keşfeder. Böylece, belirli bir NPC’nin desteğini alarak ve ondan gerekli bilgileri öğrenerek, potansiyel olarak ölümcül bir çatışmadan kaçınarak istediğiniz konuma gizli bir geçit bulabilirsiniz.

Ayrıca, oyunun dallanmış diyalog sistemi de övgüyü hak ediyor. Deus Ex’te karakterlerin ve oyun evreninin inceliklerini açıklayan büyük miktarda metin bulunmaktadır. Anahtar NPC’lerle yapılan konuşmalarda genellikle ilerideki hikayeyi etkileyen zor bir ahlaki seçim yapmak zorunda kalırsınız. Oyuncu, konuşmaya tamamen dalarken, yan etkinliklere dikkat etmez – hatta kamera üçüncü şahıs görünümüne geçer.