Granblue Fantasy: Relink’in hikayesi, Zeğagrande krallığında geçiyor. Burada ilkel yaratıklar adanın koruyucuları olarak hizmet ederken, bilinmeyen bir nedenle tanınmayan bir düzen olan Avii Kilisesi faaliyet göstermektedir. Ana karakterler bu etkenlere karşı savaşmak zorunda kalırken, Gökyüzü Krallığı’nın kaderi de belirsizdir.

Dört kişilik bir partiyle yapılan görevler farklı tiplerde olacak. Toplamda 100’den fazla görev bulunmakta, bazıları endgame için tasarlanmıştır. Oyuncular karakterlerini silah ve mührün yanı sıra farklı şekillerde özelleştirebilirler.