Oyunun hikayesi, Homeworld 2 olaylarından sonra gelişiyor. Hiigaranlar, yeni bir tehdit olan Anomali’ye karşı savaşa giriyorlar. Yeni bir ana gemi ve Imogen S’jet’in yönlendirici olarak yer aldığı yolculuğa çıkan oyuncular, saldırıları püskürtürken, kaynakları toplayarak, yeni birimler oluşturarak ve daha fazlasını yaparak sistemde ilerliyorlar. Yeni birimler, kampanyayı ilerlettikçe açılıyor, ancak aynı zamanda düşman gemilerini ele geçirip kendi gemileriniz gibi kullanabilirsiniz.

Homeworld 3, klasik formüle birkaç yeni özellik ekliyor, terkedilmiş kapılardan geçerek sığınma mekaniğiyle başlayarak gemilerin olayların seyrini değiştirebilecek yeteneklerine kadar. Ayrıca, üç oyuncunun işbirliği yapabileceği yeni bir mod da oyuna eklendi.